ここではBeOSのディレクトリー（フォルダー）構造の概論を簡単に説明します。BeOSのディレクトリー構造はファイルの統合管理に役立つだけでなく、BeOSの将来のバージョンにおけるシステムの信頼性の改良とマルチユーザー環境への可能性に道を開くものです。
最初にBeOSをインストールしたときに、「Tracker」には以下のような７つのディレクトリーが表示されたはずです。
これ以外に「desktop」と「var」という２つのディレクトリーがありますが、これらは「Tracker」では表示されません。しかし、これらは「Terminal」か「File」パネルからアクセスすることができます。「desktop」は、デスクトップ上に置かれるファイルが入るディレクトリーです。「var」はシステムやアプリケーションがスプールファイルのような一時的なファイルをストアする場所です。
BeOSには、システム用とユーザー用の２つのクラスのディレクトリーがあります。システムの信頼性を保証するために、新しいアイテムの追加や削除はユーザーディレクトリー内で行われ、システムディレクトリーの中身はユーザーが変更することはできません。
WARNING：「beos」と「develop」フォルダーはシステムが使用するディレクトリーであり、ユーザーが内容を変更することはできません。
「apps」と「home」、「optional」、「preferences」フォルダーはTrackerと同様にユーザーディレクトリーであり、追加や削除などの変更が思いのままにできます。アプリケーションは「apps」フォルダーに、動作中のファイルは「home」フォルダーに格納します。